La Fundación del Museo Arqueológico-Antropológico fue establecida en marzo de 1998. El Museo Nacional, como se lo conoce habitualmente, evolucionó directamente de un departamento para el desarrollo científico del gobierno de las Antillas Holandesas llamado Instituto Arqueológico-Antropológico de las Antillas Holandesas (AAINA). AAINA fue establecido en 1966 para conducir estudios arqueológicos antropológicos en las islas de las Antillas Holandesas.

El Museo Nacional se beneficia mucho de los resultados de más de 30 años de investigación en las Islas de las Antillas Holandesas. Las colecciones bajo el gerenciamiento del Museo Nacional incluyen los numerosos artefactos precolombinos así como objetos etnográficos de fines del siglo XIX hasta la fecha.